「服务介绍」

转录组是连接基因组遗传信息与生物功能的必然纽带。真核无参转录组测序是针对没有参考基因组的物种进行mRNA研究的技术，由于常见物种数据库都有收录基因组信息，因此该技术主要适用于少见或特殊物种，包括部分参考基因组组装效果不好无法使用的情况，也可以考虑无参转录组。无参转录组分析过程中，会对测序数据进行自组装，而组装效果的好坏是基因序列完成性的关键因素，因此采用更多的样本个数或数据量进行检测，可以很好的提升组装效果。

转录组研究已经成为揭示生物生长发育调控、逆境胁迫适应机制、生物进化规律、疾病发生发展重要机制、发现致病基因调控关键靶点等多方面的重要研究手段。

「欧易生物优势」

专业的技术操作人员：极强复杂样本处理能力，超6000种样本类型处理经验

丰富的建库经验：十多年建库技术沉淀，链特异性建库，提高转录本/基因定量准确度

全面的分析内容：线上线下双平台分析，提供常规、高级、个性化分析内容

优秀的服务理念：专业技术支持团队、生信分析工程师及销售工程师，团队式项目处理

丰富的发文经验：已助力客户发表高水平文章4000+篇

「技术应用」

• 探究Unigene在不同处理中的转录变化

• 挖掘Unigene在处理变化中的功能机制

• 多组学联合研究

「分析内容」

「结果展示」

「案例分享」

Comparative Transcriptomic, Anatomical and Phytohormone Analyses Provide New Insights Into Hormone-Mediated Tetraploid Dwarfing in Hybrid Sweetgum (Liquidambar styraciflua×L. formosana)

比较转录组学、解剖学和植物激素分析为杂交枫香激素介导的四倍体矮化提供了新的见解

发表期刊：Frontiers in Plant Science | IF：6.6 | 实验材料：枫香

研究内容

多倍体育种是提高植物生物量和品质的有效途径。体外或离体植物的快速生长和矮化类型都是在多倍体化后产生的。然而，关于体外生长的多倍体的侏儒型机制知之甚少。本研究以具有相同遗传背景的四倍体和二倍体杂交枫香（Liquidambar styraciflua×L. formosana）为研究对象，测量了其形态学和细胞学特征。

RNA-Seq用于分析四倍体和二倍体植物之间的地上部和根系变异；验证了重要的代谢物。结果表明，培养25 d后，四倍体的枝条和根长明显短于二倍体。大多数四倍体根细胞较宽且较不规则，分生带长度较短，而四倍体细胞明显大于二倍体细胞。差异表达基因（DEGs）在植物生长和器官伸长途径中显著富集，如植物激素生物合成和信号转导、糖和淀粉代谢以及细胞周期。有助于调节器官伸长的激素生物合成和信号转导基因，如YUCCA、TAA1、GH3、SAUR、CPS、KO、KAO、GA20ox、GA3ox、BAS1和CYCD3，普遍下调。四倍体根茎中生长素、赤霉素和芸苔素内酯（BL）含量显著低于二倍体，这可能导致四倍体再生植物根和茎生长缓慢。诱导植物细胞伸长的外源赤霉酸（GA 3）和吲哚-3-乙酸（IAA）可显著促进四倍体茎根的生长。

综上所述，比较转录组学和代谢物分析表明，再生四倍体杂交枫香的生长缓慢与生长素和赤霉素缺乏密切相关。本研究结果为同种多倍体杂交枫香中侏儒症的分子机制提供了见解。

图 | TEAD1在人和小鼠重塑心脏中的表达增加

「案例分享」

Alleviation of Tris(2-chloroethyl) Phosphate Toxicity on the Marine Rotifer Brachionus plicatilis by Polystyrene Microplastics: Features and Molecular Evidence

聚苯烯微塑料减轻磷酸三(2-氯乙基)酯对海洋轮虫的毒性：特征和分子证据

发表期刊：International Journal of Molecular Sciences | IF：6.2 | 实验材料：海洋轮虫

研究内容

微塑料（MPs）和有机磷酯（OPEs）作为新兴污染物在水生环境中共存，对生物体构成潜在威胁。尽管毒理学研究是单独进行的，但联合暴露的影响尚不清楚，因为MP可以与作为载体的OPE相互作用。在本研究中，作者评估了海洋轮虫Brachionus plicatilis对不同浓度的聚苯乙烯MP和磷酸三（2-氯乙基）酯（TCEP）的共同暴露的反应，包括种群增长、氧化状态和转录组学。结果表明，0.1 μm和1 μm MPs在消化系统中积累，即使高达2000μg/L，它们也没有对海洋轮虫的胃形态、存活和繁殖产生明显的损害。1 μm MPs的存在将TCEP诱导的低种群增长率和高氧化应激逆转至正常水平。

随后的验证表明，P-糖蛋白外排能力被联合暴露激活，表明其在逆转种群生长抑制中的重要作用。这些结果挑战了人们普遍认为的MPs加重了共存污染物的毒性，并阐明了MPs和TCEP诱导的有限毒性作用的分子机制。

图 | 1-μm MPs、TCEP和1-μm MPs + TCEP组GO富集top30 term

「送样指南」

样本采集与处理

• 样品类型：细胞、新鲜组织或RNA样品

• 细胞样品培养诱导结束后，去除培养液，加入适量专门的细胞裂解液，投入液氮冷冻，然后于液氮中存放或转入-80°C超低温冰箱保存

• 全血样本应分离白细胞后，加入适量专门的细胞裂解液，投入液氮冷冻，然后于液氮中存放或转入-80°C超低温冰箱保存

• 动物组织准确切取所需组织后，在RNase-free的生理盐水中迅速漂洗样本，以去除血渍和污物。用准备好的铝箔或冷冻保存管装载包裹组织，迅速投入液氮冷却。后于液氮中存放或转入-80°C超低温冰箱保存

• 植物组织准确取得所需组织后，立即放入进口冻存管中，投入液氮冷冻，然后于液氮中存放或转入-80° C超低温冰箱保存

• 动物体液样本（如唾液、尿液、骨髓等）在获取后，立即放入进口冻存管中，投入液氮冷冻，然后于液氮中存放或转入-80°C超低温冰箱保存

「常见问题」

1、转录组测序需要多少RNA？

转录组测序一般要求total RNA≥1μg（浓度≥100 ng/μL）

2、生物学重复是必须的吗？一般要重复几次？

是的。一般应该重复3次以上，具体情况需要根据具体实验来决定。样本数量越多统计学意义越大

3、转录组测序是否可以同时检测mRNA、miRNA及其他非编码RNA？

理论上技术是可行的，但是通常会根据测序对象长度的不同，在测序建库的时候会选择不同的片段大小，测序读长也会有不同。一般来讲，如果要进行 small RNA 测序的话，通常将 microRNA 分离出来，单独进行测序。mRNA 测序，通常建库时选择 200-300 bp 大小片段，采用 125 PE/150 PE 测序。而长链非编码 RNA（lncRNA）存在正向转录和反向转录，所以常采用去除 rRNA 后进行链特异性建库测序原则。

4、定量结果与转录组测序结果不符的原因？

• 用于做RT-PCR的基因在样本中表达量偏低，Ct值偏高

• 用于做定量的样本与转录组测序样本不一致

• 定量和测序毕竟是两种检测技术，通过两种不同的方法进行分析，结果会存在一定几率的不一致